1371 kauften die Herzöge von Österreich das Dorf Mols und Teile von Oberterzen. Sie übergaben sie ihrem Schultheissen von Walenstadt. Dort waren sie als sogenannte Ausburger abgabepflichtig. Sie begründeten so den Gerichts- und Gemeindebezirk Walenstadt, zu dem das Städtchen, Walenstadtberg, Mols und Teile von Oberterzen gehörten. In jeder dieser Dorfgemeinschaften hatten die Ausburger zwar Rechte und Pflichten, mussten diese aber stets vom Schultheissen und vom Stadtrat von Walenstadt genehmigen lassen.

Ein eidgenössisches Schiedsgericht stellte 1462 die österreichischen Gebiete von Walenstadt, Freudenberg und Nidberg unter die gemeinsame Herrschaft der sieben Alten Orte Uri, Schwyz, Unterwalden, Luzern, Zürich, Glarus und Zug. Murg, Quarten, Quinten, Schänis, Amden und Weesen als Teile der österreichischen Herrschaft Windegg unterstanden Schwyz und Glarus.

Während der Reformationszeit kam es in Quarten zum Bildersturm. Altäre, Kreuze und Heiligenbilder wurden aus der Kirche herausgerissen und auf der Zillen, wie die Überlieferung berichtet, zu einem grossen Haufen geschichtet und unter Spott und Hohn verbrannt. Die Reliquien hingegen seien dem gleichen Schicksal entgangen und nach Oberterzen gerettet worden.

Die Rückkehr zum alten Glauben erfolgte zu Beginn des 16. Jahrhunderts, wie eine Pergamenturkunde vom 28. Juni 1533, ausgestellt von Weihbischof Stephanus Tschuggli von Chur, bestätigt.

1798 ging die Alte Eidgenossenschaft unter und die Herrschaftsverhältnisse änderten sich gründlich. Auch die weltliche Herrschaft der Abtei Pfäfers und jene von Schänis brachen zusammen. Das gesamte Gebiet der heutigen Politischen Gemeinde Quarten wurde dem am 4. Juni 1798 neugegründeten Kanton Linth zugeschlagen. Diese helvetische Neuschöpfung hatte bis zum Jahr 1803 Bestand, als die Gemeinde Quarten definitiv zum Kanton St. Gallen kam.